La Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por antonomasia, conforme lo consagra la Ley General 18.398, la Ley de la Navegación 20.094 y la nutrida legislación que en forma coincidente define el amplio y homogéneo perfil de sus competencias.
Asimismo lo es, y en virtud de su tradición histórica y funcional, inalterable a través del tiempo, que la identifica como el órgano a través del cual el Estado ejerce la policía de seguridad de la navegación y de la seguridad y el orden público en las aguas de jurisdicción nacional y en los puertos.
Además es órgano de aplicación de los convenios internacionales relativos a la seguridad de la vida humana en el mar, la prevención y la lucha contra la contaminación y las materias técnicas y jurídicas relacionadas, conforme lo establecen las leyes de aceptación del país.
También cumple funciones en ejercicio de las obligaciones del país como Estado de Abanderamiento y Estado Rector del Puerto, para el registro de los buques y el control de sus condiciones de seguridad, según las leyes y reglamentaciones que le asignan estas competencias y los acuerdos internacionales respectivos.
La Prefectura es, en suma, la Autoridad Marítima Argentina por excelencia, por la multiplicidad de circunstancias generales y específicas que abarcan sus responsabilidades y en mérito a la legislación que reiteradamente lo expresa, definiendo nítidamente su perfil institucional en el concierto de los organismos del Estado.
La corona española transfirió a sus colonias la misma estructura administrativa que regía en la península.
Las atribuciones y responsabilidades obraban inicialmente en la "Recopilación de Leyes de los Reinos de Indias", promulgadas en 1680 por Carlos II y más precisamente, en las "Ordenanzas Generales" de 1793, dictadas por el rey Carlos IV, cuyo título 7 reglamentaba la "policía general de los puertos y otros cualesquiera fondeaderos a cargo de los Capitanes de Puertos y las demás obligaciones de éstos", con funciones como la habilitación de prácticos, inspección de las condiciones de seguridad de los buques, actuaciones sumariales por acaecimientos de la navegación, delitos y contravenciones, despacho de buques, control de navegantes y pasajeros, prohibición de arrojar basuras y escombros a las aguas, funcionamiento de la junta de sanidad, etc. que actualmente continúa cumpliendo la Prefectura.
Este agrupamiento de funciones permaneció a través del tiempo con ligeras variaciones. Al producirse la Revolución de Mayo, el alférez de fragata D. Martín Jacobo Thompson era el Capitán de Puertos y Comandante de Matrículas. Muchos hombres destacados de nuestra historia ocuparon ese cargo, como Matías de Irigoyen, Zapiola, Azopardo, Toll y Bernadet, Espora, Erézcano, etc.
La enumeración de antecedentes relativos a las funciones asignadas durante tiempo tan prolongado sería extensa, pero de su examen se puede inferir que la jurisdicción y competencias de la Prefectura se fueron conformando y perfeccionando a través del tiempo en forma armónica, definiendo desde el siglo pasado un ámbito específico, reiteradamente calificado como exclusivo, que le fue confiriendo fisonomía en el concierto de los órganos que componen la administración pública nacional.
El 29 de octubre de 1896 fue promulgada la ley 3.445, marco de legal que, por su data, atestigua la antigüedad de la institución. Tanto en el trámite parlamentario previo como en su articulado, se explica que nada nuevo se viene a crear con la presente ley y que la Prefectura es la misma organización española denominada "Capitanía de Puerto" y cumple sus mismas funciones siendo a partir de entonces indudable continuadora de las antiguas capitanías y exclusiva policía de los mares, ríos, canales y puertos sometidos a jurisdicción nacional. Dicho ámbito funcional se reitera y amplia luego por las leyes dictadas con posterioridad, entre las cuales se encuentra la ley de la navegación (20.094). Aquel instrumento rigió su devenir hasta 1969, año en que se promulgó la ley 18.398, repertorio actual de la misión y competencias que el estado confía a la Prefectura Naval Argentina.