De larga e intensa actividad pastoral en la asistencia de familias empobrecidas, Mugica fue asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la facultad de Medicina. Progresivamente cercano al peronismo, comenzó a desarrollar la mayor parte de su labor comunitaria en la llamada Villa del Puerto, luego Villa 31, donde fundó la parroquia Cristo Obrero. Integrante del Movimiento de Sacerdotes del Tercer Mundo, se opuso firmemente a las acciones violentas una vez que el pueblo hubo recuperado los derechos ciudadanos, pero tanto por su opción por los pobres y su activa militancia social como por la independencia política que evidenciaba, había recibido varias amenazas de muerte y sido víctima de algunos atentados, hasta que el 11 de mayo de 1974, al salir de la iglesia de San Francisco Solano del barrio porteño de Villa Luro, dónde acababa de celebrar misa fue asesinado por un comando de la organización parapolicial de la Triple A (Asociación Anticomunista Argentina) .
