Su origen se remonta al primer cuarto del siglo XVII, cuando los jesuitas abrieron el Colegio Máximo, donde sus alumnos -en particular, los religiosos de esa orden- recibían clases de filosofía y teología. Este establecimiento de elevada categoría intelectual fue la base de la futura Universidad.
Bajo la tutela de los jesuitas y el impulso del Obispo Juan Fernando de Trejo y Sanabria, en 1613, aunque no estaba autorizado para otorgar grados, se iniciaron los Estudios Superiores en el Colegio Máximo de Córdoba.
El Breve Apostólico del Papa Gregorio XV, del 8 de agosto de 1621, otorgó al Colegio Máximo la facultad de conferir grados, lo que fue ratificado por el monarca Felipe IV, a través de la Real Cédula del 2 de febrero de 1622.
A mediados de abril de ese año, el documento llegó a Córdoba y el Provincial de la Compañía, Pedro de Oñate, con el acuerdo de los catedráticos, declaró inaugurada la Universidad.