La ciudad de San Salvador de Jujuy fue fundada el 19 de abril de 1593 por Francisco de Argañaraz y Murguía e inmediatamente se constituyó la obra de los doctrineros jesuitas y franciscanos, y la encomienda de indios. Entre las primeras actividades que caracterizaron la región figuran la ganadera y los cultivos de caña de azúcar, tabaco, arroz, naranjas, trigo, algodón y maíz. A pesar que la ciudad se constituyó rápidamente en un destacado centro cultural (funcionaban bibliotecas y trabajaban hábiles artesanos y hombres de letras), no fue fácil soportar la hostilidad de los indios calchaquíes, omaguacas, chiriguanos y tobas que obligaban a los pobladores a vivir en estado de alerta.
Con el tiempo se familiarizó solamente el nombre de Jujuy, pero en 1952 volvió a imponerse el nombre primitivo.
Antiguos documentos de la civilización incaica hablan del Xuxuyoc, una especie de delegado del Inca, gobernador de la provincia. Cuando los españoles arribaron a estas tierras, seguramente dieron con el funcionario y llamaron al lugar "Valle del Xuxuyoc" de donde vendría el origen del vocablo Jujuy.*
En la actualidad San Salvador de Jujuy es la capital de la provincia de Jujuy y, de acuerdo con el censo de 2010 cuenta con 257.970.