De larga e intensa actividad pastoral en la asistencia de familias empobrecidas, había sido asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la facultad de Medicina. Progresivamente cercano al peronismo, comenzó a desarrollar la mayor parte de su labor comunitaria en la llamada Villa del Puerto,
luego Villa 31, donde fundó la parroquia Cristo Obrero.Integrante del Movimiento de Sacerdotes del Tercer Mundo, se opuso firmemente a las acciones violentas una vez que el pueblo hubo recuperado los derechos ciudadanos, pero tanto por su opción
por los pobres y su activa militancia social como por la independencia política que evidenciaba, había recibido varias amenazas de muerte y sido víctima de algunos atentados, hasta que fue emboscado al salir de la iglesia de San Francisco Solano del barrio porteño de Villa Luro, dónde acababa de celebrar misa. Tiempo después se supo que los autores habían sido integrantes de un comando parapolicial de las Tres A.
Mugica en primera persona
"Tenemos que buscar otro tipo de sociedad y aquí aparece la reflexión sobre la posibilidad de acceder al socialismo. ¿Cuáles son las pautas que debe tener en cuenta un cristiano para saber qué sistema puede adecuarse mejor o no a sus valores? Primero, el Evangelio; segundo el Magisterio de la Iglesia y después los signos de los tiempos."
"Pensemos en la comunidad prototípica, las primeras comunidades cristianas. ¿Qué se dice en el libro de los Hechos de los Apóstoles?: ‘Todos los que creían vivían unidos teniendo todos sus bienes en común, vendían sus posesiones y haciendas y las distribuían entre todos según la necesidad de cada uno’. (Cap. 2, 44ss). "La muchedumbre de los que habían creído tenían un solo corazón y una sola alma y ninguno tenía por propia cosa alguna; todo lo tenían en común." "No había indigentes entre ellos porque los dueños de haciendas y casas las vendían y llevaban el precio de lo vendido a los apóstoles y a cada uno se le repartía según su necesidad." "Dieciocho siglos más tarde Marx va a pronunciar una frase evangélica cuando diga: ‘de cada uno según su capacidad, y a cada uno según su necesidad.’"
"Si hoy realmente los que se dicen católicos en la Argentina pusieran todas sus tierras en común, todas sus casas en común, no habría necesidad de reforma agraria, no habría necesidad de construir ni una sola casa. Los casi tres millones de personas que viven en las Villas Miserias en la Argentina, o en conventillos infames y en cuevas –como los indios con los que estuve en Los Toldos – podrían vivir confortablemente bajo techo sin que se construya una sola casa más en el país. Sólo en Buenos Aires hay ciento diez mil departamentos vacíos. Si esta fuera una sociedad cristiana, la gente de las Villas tendría derecho a ocuparlos. Ya de hecho lo han concretado en Córdoba, un grupo de gente de una villa se apoderó de un monoblock. No han hecho más que recuperar lo que les corresponde. Porque cuando la gente dice "esto es mío", ¿quién decidió que es suyo?. El Código Civil Argentino. Pero el Código Civil fue una avivada de doscientas familias que ya se habían apoderado de las tierras y por eso podían decir: "cada uno tiene derecho a sr propietario de lo que tiene". Claro, si todos hubieran largado a cero kilómetro en materia de tierras, muy bien, pero los señores Pereyra Iraola y Menéndez Behety ya eran dueños de media Argentina cuando dijeron ‘hay que respetar la propiedad privada’. "
Extractos de Peronismo y Cristianismo
Carlos Mugica - Editorial Merlín - Buenos Aires, 1973.